（一）办公室

　　协助局领导组织综合调研，拟定全市卫生工作政策措施，负责综合协调机关政务工作，制订局机关各项工作制度和管理制度，负责会议组织、秘书事务、机要保密、行政事务、新闻和宣传、信息、档案管理及信访、保卫、综合治理等工作。

（二）规划财务科

　　研究提出全市卫生事业心发展规划、统筹规划与协调全市卫生资源配置；负责全市卫生统计、年报汇总的管理；负责区域卫生发展规划；加强卫生财务管理规范，负责卫生服务价格报批，执行国家卫生装备标准，指导、协调、监督卫生贷款利用；对直属单位的计划、财务、基建、国有资产等进行监督管理；负责组织直属单位法定代表人的离任审计；负责全市性的卫生、血防专项经费的管理；负责机关财务工作。

（三）医政医教科（干部保健科）

　
　　研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理法规和服务标准，组织指导分级评审；组织实施执业医师和执业护士的专业水平考试制度；实施医务人员服务范围；对医疗卫生机构的医疗质量和服务质量进行监督；负责医疗纠纷调查处理、医疗事故的鉴定；依法监督管理采供血及临床用血质量；协助地方人民政府和有关部门对重大人员伤亡事件组织紧急救护。负责对全市护理质量和服务质量进行监督。
　　研究拟定卫生科技长远规划、年度计划和重点医疗卫生科技发展规划，拟定重大疾病研究、应用研究的政策的措施；组织协调医学科研攻关和科技成果的普及应用；协助有关部门做好医学院校招生计划和毕业就业计划的有关工作；会同有关部门制订卫生系统成人教育和继续教育计划。接受省卫生厅国际合作处负责的多边、双边合作交流和卫生援外工作；组织开展卫生领域的交流与合作；审核各类卫生专业技术人员的出国手续。
　　负责市级有关干部保健对象的医疗保健工作，制订干部保健规划，协调领导干部保健工作。

（四）卫生监督与疾病控制科（加挂基层卫生与妇幼保健科、血防办牌子）

　　拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及公共卫生相关疾病的防治规划和措施，组织对重大传染病、地方病的综合防治；授权发布检疫传染病和监测传染病名录及疫情；组织实施计划免疫工作；组织调度全市卫生技术力量开展救灾防病工作，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。协助有关部门做好血吸虫病、地方病的防治、宣传工作。
　　研究拟定农村卫生、社区卫生服务的发展规划组织并实施服务标准，指导初级卫生保健规划的实施，研究城乡基层卫生服务体系的改革；实施妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准；监督母婴保健专项技术的实施；统筹协调健康教育工作。
　　组织协调地方性卫生法规、规章、技术规范、标准的拟定；负责卫生行政复议和对卫生执法的监督；监督管理传染病、地方病、职业病防治和食品、环境、放射、学校卫生，监督实施食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作；负责医疗机构、健康相关产品检验机构和公共卫生监督、检验机构的资质认定；负责对全市卫生执法监督工作的指导协调。

（五）中医管理科

贯彻中西医并重的方针，研究拟定中医事业发展的长远规划、年度计划和重点专科发展规划；负责实施中医、民族和中西结合机构的医务人员的服务规范、医疗质量，服务质量进行监督指导；负责祖国医学的继承、发掘和整顿工作；大力发展和培养中医人才。

（六）人事科

　　拟定局机关和直属单位人事管理的规章制度，负责局机关国家公务员制度的实施和人员编制的管理；组织实施卫生专业技术资格考试制度；指导卫生专业技术人员的资格认定、颁证工作；研究制订卫生人才发展规划；负责直属单位的机构编制、劳动工资、人事管理及干部任免的有关工作；承办卫生系统全市性、全省性、全国性表彰的推荐工作。负责管理市直卫生系统人事档案。
　　纪检〈监察〉机构按有关规定设置，人员编制在机关行政编制总额内单列。